| 要約: | Binaan vektor yang mengandungi unsur kawasan perlekatan kerangka/matriks (S/MAR; scaffold/matrix attachment region) berpotensi meningkatkan penghasilan protein rekombinan dalam sel mamalia. Perlekatan S/MAR pada protein matriks menstabilkan transkripsi gen yang diapitnya melalui pembentukan gegelung kromatin. Bagi mendapatkan maklumat jujukan S/MAR bagi titisan sel ginjal embrio manusia (HEK293) dan sel ovari Chinese hamster (CHO DG44) pada skala genom, dua kaedah pemencilan S/MAR yang berasaskan dua larutan berbeza iaitu 2 M NaCl dan litium- 3,5-diiodosalisilat (LIS) telah digunakan. Terdapat lapan sampel terdiri daripada fraksi DNA mengandungi S/MAR yang melekat pada protein matriks dan DNA gegelung yang bebas dari perlekatan bagi setiap kaedah untuk kedua-dua jenis sel. Kesemua sampel dijujuk melalui pendekatan Next Generation Sequencing (NGS) dan dipetakan terhadap genom manusia dan kontig jujukan genom CHO DG44 berdasarkan jenis sel masing-masing menggunakan perisian CLC Genomic Workbench. Kaedah 2 M NaCl menghasilkan 16 199 204 konsensus S/MAR yang merangkumi 8 994 856 dan 7 204 348 masing-masing daripada HEK293 dan CHO DG44. Manakala bagi kaedah LIS pula, sejumlah 13 085 585 konsensus S/MAR dijana yang terdiri daripada 8 412 672 dan 4 672 913 masing-masing daripada HEK293 dan CHO DG44. Bagi mambandingkan set data jujukan konsensus, analisis BLASTN dijalankan berdasarkan padanan signifikan pada nilai E bersamaan dengan sifar. Hasil pemadanan antara data konsensus jujukan S/MAR dan jujukan DNA gegelung bagi kedua-dua kaedah pemencilan untuk dua jenis sel tersebut adalah rendah iaitu di antara 0.07% (10 083/14 960 547) hingga 0.32% (45 828/14 157 742). Ini menunjukkan keberkesanan kaedah NaCl dan LIS untuk memencilkan S/MAR yang sedang melekat pada matriks protein. Walau bagaimanapun, persamaan antara data jujukan konsensus S/MAR yang diperoleh bagi kedua-dua kaedah adalah agak rendah iaitu 0.46% (80 807/17 407 528) bagi HEK293 dan 0.07% (8340/11 877 261) bagi sel CHO DG44. Analisis perbandingan antara data jujukan S/MAR berdasarkan jenis sel pula menunjukkan terdapat 6 jujukan S/MAR yang sama dengan purata liputan sebanyak 82% bagi kaedah 2 M NaCl. Sejumlah 38 jujukan S/MAR dengan purata liputan sebanyak 85% dikongsi oleh kedua-dua sel HEK293 dan CHO DG44 telah diperoleh menggunakan kaedah LIS. Bagi 44 jujukan yang dikongsi oleh kedua-dua sel tersebut, 12 daripadanya berada pada kawasan intergen (di antara gen) dan 32 lagi berada dalam kawasan intragen (dalam gen). Jujukan S/MAR HEK293-CHO DG44 ini berpotensi sebagai unsur vektor pengekspresan universal yang boleh diaplikasikan di dalam kedua-dua jenis sel mamalia untuk menangani masalah penghasilan protein terapeutik yang rendah. Diharapkan maklumat jujukan S/MAR daripada dua kaedah pemencilan yang digunakan dalam kajian ini dapat mencetus inovasi baru dalam proses pembinaan vektor demi memperkukuhkan industri biofarmaseutikal di Malaysia.,Master / Sarjana
|
|---|
