Mapping Of Transcriptional Start Site And The Identification Of Novel sRNA In Mycobacterium Tuberculosis H37Rv - Lee, Li Pin (2016)
Penyesuaian Mycobacterium tuberculosis (Mtb) terhadap pelbagai perubahan persekitaran dalam sistem imun membolehkan bakteria tersebut untuk hidup berterusan dalam individu yang dijangkiti selama beberapa dekad. Pelbagai aspek dalam pengawalan ekspresi gen terhadap perubahan tekanan persekitaran telah dikaji secara meluas dalam Mtb. Namun, tidak banyak perhatian yang diberi terhadap fungsi pengawalan ekspresi gen oleh titik awal transkripsi (TSSs) dan RNA kecil (sRNAs) dalam Mtb, terutamanya dalam pelbagai rangsangan tekanan persekitaran. Ini menginspirasikan usaha dalam pengenalpastian TSSs dan sRNAs yang terlibat dalam pelbagai rangsangan tekanan persekitaran. Untuk mengenal pasti TSSs dalam Mtb, perpustakaan cDNA yang diperkaya dengan transkrip utama telah dibina untuk RNA sequencing, dan TSSpredator telah diguna untuk menganalisis TSSs bagi Mtb dalam pelbagai rangsangan tekanan persekitaran. Sebanyak 8,173 TSSs telah dikenal pasti dalam enam keadaan. Kebanyakan TSSs (3,904) terletak dalam gen (TSS dalaman) dan 1,932 TSSs primer yang terletak dalam lingkungan 300 nt daripada titik permulaan translasi. 2,861 TSSs merupakan permulaan bagi sRNAs antisense yang berpotensi (TSS antisense). Selain itu, 215 TSSs yang terletak dalam kawasan intergen merupakan permulaan yang berpotensi bagi sRNA berkod trans.